Software

• Virtualization
  • VMware ESXi
• Programming Languages
  • MATLAB
  • Python
  • R
  • Ruby
  • java
• Scientific Applications
  • ABySS
  • ANSYS
  • ARCS
  • AutoDock
  • autoDock_Vina
  • BayeScan
  • BEAST2
  • BLAST
  • BLAT
  • bowtie2
  • Bpp
  • BWA
  • CDO
  • CHARMM
  • Calculix
  • Clustalw
  • crystal
  • Curl
  • Cufflinks
  • delft3D
  • DL_POLY_Classic
  • ECL
  • EDGE-pro
  • elmer
  • fastQC
  • Flye
  • gamess
  • garli
  • GATK4
  • GROMACS
  • GROMACS-LS
  • gurobi
  • intel
  • IQ-TREE
  • Kraken
  • IOAPI
  • LAMMPS
  • leDock
  • lePro
  • LINKS
  • Lotos Euros
  • MAFFT
  • MDSTRESS-LIB
  • MedeA
  • Mothur
  • MPICH
  • mrBayes
  • MUSCLE
  • NAMD
  • ncl
  • NCAR NCL
  • OpenFOAM
  • OpenQuake
  • OpenSees
  • ORCA
  • Openstructure
  • parallel
  • ParGenes
  • Partition Finder
  • PhyloNet
  • PICRUSt2
  • Pigz
  • Plumed
  • Prank
  • Prinseq-lite
  • Pteros
  • pyrad
  • QE
  • Qiime2
  • RACKET
  • RAxML
  • rDock
  • REPET
  • SAMtools
  • SMOKE
  • Google Sparsehash
  • stacks
  • TensorFlow
  • Tigmint
  • TopHat
  • Trans-ABySS
  • Transrate
  • trimmomatic
  • Trinity
  • USPEX
  • VASP
  • VMD
  • vsearch
  • Wps
  • WRF
  • Makedepf90
  • GEANT4
  • ROOT
• Management Software
  • Lmod
  • SLURM
  • Tools
• Provisioning
  • Ansible
  • Vagrant
• Monitoring
  • Monitoring Architecture
  • Nagios
  • Sensu
  • ELK
  • Grafana
  • Apolo Monitoring
  • Sensu Go
• Operating Systems
  • Rocks
• Scientific Libraries
  • ParallelNetCDF
  • NetCDF
  • GMP
  • Eigen
  • Pybind
  • FFTW3
  • Beagle
  • Boost
  • OpenBLAS
  • ICU
  • HTSeq
  • Jasper
  • Qt framework
  • Hypre
  • GSL
  • Hdf5
  • MPFR
  • Szip
  • Zlib
  • Zstd
  • ScaLAPACK
  • Cloog
  • MPC
  • MCT
  • LAPACK
  • Libpng
  • Libtool
  • CUnit
  • udunits
  • XZ
  • curl
  • BZIP2
  • Zstd 1.5.2
  • PCRE2
• Accelerators
  • CUDA Multi-Process Service (MPS)